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El Servicio de Pediatría del HNERM se inicia en el año 1958 como consulta externa realizando Puericultura y Control del Niño sano a los hijos de los asegurados hasta que cumplían el primer año de edad, el primer jefe fue el Dr. Victor Lara Cubas y trabajaban con él los doctores  René de Andrea, Roca, Sergio Alzamora, incorporándose a los pocos años, el Dr Fernando Zegarra.

En 1980, siendo jefe de Departamento el Dr. Oswaldo Freyre y Jefe de servicio el Dr. Raymundo Matos, atendiendo al requerimiento de los trabajadores del Hospital, se amplió la atención en consulta externa para los hijos de los trabajadores hasta los 14 años, allí fueron atendidos por prestigiosos pediatras como el Dr. Carlos Flores, el Dr. Fernado Zegarra , la Dra. Carmen Risco, la Dra. Nelly Quinteros, el Dr. Carlos Kaelin, entre otros.

A partir de 1984 se extiende la atención en consulta externa para los hijos de los asegurados,  ingresando para estos requerimientos el Dr  Darío Rodriguez y Dra Wilda Silva.

En 1985 se inicia la atención en Emergencia Pediátrica, por lo que al incrementarse la demanda de atención tanto en consulta externa como en tópicos de emergencia, se convoca 8 plazas por concurso en septiembre de dicho año, produciéndose recién la incorporación de los nuevos profesionales el 13 de Enero de 1986, siendo el Dr Herman Silva, Dr Luis Rocha, Dr Alex delgado, Dr Luis Reátegui, Dra Raquel Garcés, Dra María Loo, Dra. Miren González, Dra Tula Marquéz que se pasa al HNGAI y otro colega que deserta la plaza por lo que ingresan los dos siguientes en el cuadro de mérito, que son el Dr Carlos González y el Dr Orestes Licetti. Al incrementarse la afluencia de pacientes, y teniendo el médico de guardia que asumir la responsabilidad de atención en tópico y pasar la visita médica de los pacientes que eran internados para observación, se decide solicitar un  número de 10 plazas de médicos pediatras por tenerse la mira de creación de un Servicio de Hospitalización, por lo que existe nuevo concurso en Septiembre de 1986, ingresando médicos pediatras, como el Dr. Jorge Bautista, Augusto Espejo, Somnia Gamarra, Teresa Zárate, Ana Protzel, Raúl Castillo, Isabel Amemiya, Humberto Chávez, entre otros ,con lo que se organiza la atención en emergencia con dos médicos de guardia, uno para que pase la visita de los pacientes internados para observación y el otro en el tópico para triaje y atenciones de urgencia.

Con el excelente trabajo que  realizaban los pediatras jóvenes, en su mayoría egresados del Instituto Nacional de Salud del Niño  (ex Hospital del Niño), la demanda de pacientes fue creciente, tanto de  hijos de asegurados como no asegurados que deseaban ser atendidos en un servicio nuevo y que contaba con muchos recursos que otros hospitalesno tenían , es así que en  a partir de fines de Enero 1987.a fín de descongestionar las camas en el  servicio de Emergencia, nace el Servicio de Clínica Pediátrica un 12 de Febrero de 1987, ubicándosele en el segundo piso del Block G, el cual era área de oficinas  administrativas y que se le acondicionó  para fines de hospitalización, colocándose puntos de toma de oxígeno y creación de lavatorios y baños para el aseo de los niños, sobre todo en el área destinada para el grupo etario de lactantes. Nació bajo la Jefatura de Servicio del Dr. Raymundo Matos Santos y el Jefe de Departamento era el Dr. Oswaldo Freyre Zagaceta. , contando con 45 camas de hospitalización. Y se requirió aumentar las plazas para Pediatras, ingresando al Servicio  las Dras. Hilda Paitanmala,  Gladys Castilla, Matilde Estupiñán y Ada Mauricci

Al incrementar el nivel de complejidad el servicio y estar lleno de médicos jóvenes se le considera área propicia para fines de docencia, por lo que junto a internos rotantes, el año 1988 se recibe la primera promoción de residentes:conformada por los doctores José Gonzáles, Carlos Alvarado Chico, Carlos Loayza, Carlos Prialé, Carlos Soto y María Mendoza.

Posteriormente ingresaron los Drs. Erick Salas, José Caballero, Amilcar Suarez, Dante Osorio,.El trabajo se había sectorizado por áreas de atención , conformándose el Área de Emergencia Pediátrica, cuyo primer coordinador fue el Dr. Carlos Kaelin, el Area de Hospitalizacion de Clínica Pediátrica cuyo primer coordinador fuel Dr. Hermann Silva. y el Área de Consulta Externa, cuyo coordinador era el Dr. Carlos Pérez. y se decidió que ya era tiempo de separar los servicios. Fue así que se creó el Servicio de Emergencia Pediátrica y Clínica Pediátrica,

La patología que se atendía al inicio era poco o medianamente compleja, incrementándose la demanda año tras año de patologías cada vez más compleja, y  suscitándose así la necesidad de crear las subespecialidades pediátricas , con el gran esfuerzo individual y colectivo de todos y cada uno de lo médicos pediatras quienes tuvieron que optar por desarrollar las subespecialidades pediátricas e implementar la sala de Cuidados de pacientes Críticos, determinándose el funcionamiento de esta sala lo que luego se transformaría en la Unidad de Cuidados Críticos de Clínica Pediátrica,  cuya coordinación le fue encargada a la Dra. Matilde Estupiñán, siendo Jefa de Servicio la Dra. Carmen Risco. También se crearon las Unidades de Nefrología Pediátrica cuyo fundador fue el Dr. Walter Higueras uno de los mejores nefrólogos pediatras del país qu8en es actualmente Gerente del Centro Renal, siguiéndole la posta el dr. Cesar Liendo; la Unidad de Endocrinología Pediátrica a cargo de la Dra. Teresa Zárate, la Unidad del Infectología Pediátrica a cargo de la Dra. Wilda Silva, la Unidad de Neumología Pediátrica a cargo de la Dra. Gladys Castilla, la Unidad de Neurología Pediátrica que inició su funcionamiento con los Drs. Hugo Díaz y José Hernández, quienes son neurólogos de adultos y en la actualidad está a cago de neurólogos pediatras. La unidad de Gastroenterología Pediátrica, que inició su funcionamiento con los Dr. Alex Delgado y Raúl Castillo.

También se creó las Unidades de Hematología Pediátrica a cargo de los Drs. Sergio Murillo y Mariella Moreno y de Oncología Pediátrica a cargo de la Dra. Yenny Jerónimo

A partir del año 1999, luego de casi 13 años de no incrementarse mayor nímero de Pediatras, ingresaron La Dra. Olguita Del Aguila y el Dr.  Román Angulo, quienes fueron excelentes ex  reisdentes del Servicio y posteriormente se dió un nuevo concurso donde ingresaron los nuevos pediatras , las Dras. Cecilia Ayón, Gladys Collado, Rocío Campos , Javier  Santisteban y David Huanca,neurólogo pediatra. Posteriormente el 6 de febrero del 2003 se decidió remodelar e implementar el 3º piso del Block G, donde actualmente funciona la Hospitalización de Escolares de Pediatría y la Unidad de Oncología y Hematología Pediátrica.

También se incrementó el numero de subespecialistas e ingresaron la Dra. Bonilla , endocrinóloga y la Dra. Lucrecia Monsante, neumóloga y Pediatras Clínicos como Marco Morales, Aida Borcic, Claudia Romero, Mónica Castromonte, Iván Rodríguez y Manuel Ortiz , la gastroenteróloga pediatra Ana Muñoz y los nefrólogos Peter Huallpa y Juan José García .

A través de los años han sido jefes los siguientes médicos : Dr. Raymundo Matos, Dr Fernando Zegarra, Dr. Carlos Pérez Flores, Dr. Luis Noriega, la Dra. Carmen Risco , el Dr Juán Suyo , la Dra. Raquel Garcés y el Dr. Erick Salas , designados por cargos de confianza.

A partir del 20 de Mayo del 2008, se reestructura el organigrama, dando lugar a la creación de dos servicios : Pediatría General y Pediatría Especializada, cuyos jefes por concurso público en la actualidad son la Dra. Matilde Estupiñán Vigil y el Dr.David Huanca Payehuanca, quienes están tratando de mejorar los procesos de atención de los pacientes en los dos servicios con la visión de que sean servicios líderes en la atención Pediátrica, a nivel nacional, bajo la Jefatura de Departamento de la Dra. Gladys Castilla Barrios.